Fue el segundo hijo de Antonio Machado y Álvarez y de Ana Ruiz. Su padre era un notable estudioso del folklore y su abuelo fue catedrático de Ciencias Naturales en la Universidad de Sevilla.
El clima ideológico que se respiraba en su familia era de corte liberal progresista, muy próximo al krausismo. Este origen familiar condicionaría la vida, la obra y el pensamiento de Antonio Machado.
En el año 1883, toda la familia debe trasladarse a Madrid, ya que el abuelo obtiene una cátedra en la Universidad Central y la familia Machado depende económicamente de él.